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| Registros recuperados : 18 | |
| 1. |  | LIMA, R. S. N. de; SANTOS, C. A. F.; BATISTA, P. P.; RODRIGUES, M. A. Reamplificação de fragmentos do cDNA do gene da "lacrimejação" da cebola amplificado por PCR e excisados de gel de poliacrilamida. Horticultura Brasileira, Brasilia, DF, v. 25, n. 1, p. s98, ago. 2007. Suplemento. Edição dos Resumos do 47. Congresso Brasileiro de Olericultura; 4. Simpósio Brasileiro sobre Cucurbitáceas, Porto Seguro, ago. 2007.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 4. | | LIMA, R. S. N. de; SANTOS, C. A. F.; BATISTA, P. P.; BOITEUX, L. S. Visualização de fragmento de PCR do gene codificador da "sintase do fator de lacrimejação" em cebola em géis de poliacrilamida e agarose. Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 25, n. 1, ago. 2007. s 88. Suplemento. Trabalho apresentado no 47. Congresso Brasileiro de Olericultura, 4. Simpósio Brasileiro sobre Cucurbitáceas, 2007. Porto Seguro. Resumo 475.| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 5. | | LIMA, R. S. N. de; SANTOS, C. A. F.; BATISTA, P. P.; BOITEUX, L. S. Visualização de fragmento de PCR do gene codificador da "sintase do fator de lacrimejação" em cebola em géis de poliacrilamida e agarose. Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 25, n. 1, ago. 2007. 1 CD-ROM. Edição dos Anais do 47. Congresso Brasileiro de Olericultura; 4. Simpósio Brasileiro sobre Cucurbitáceas, Porto Seguro, ago. 2007.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 7. | | SANTOS, C. A. F.; BOITEUX, L. S.; SANTOS, I. C. dos; LIMA, R. S. N. de; RODRIGUES, M. A. Análise via PCR da presença de alelos do gene codificador da "sintase do fator de lacrimejação" dentro da população de cebola BRS Alfa São Francisco. Horticultura Brasileira, Brasília, v, 24, n. 1, jul. 2006. 1 CD-ROM. Suplemento. Edição dos resumos expandidos do 46. Congresso Brasileiro de Olericultura, Goiânia, ago. 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 8. | | SANTOS, C. A. F.; BOITEUX, L. S.; SANTOS, I. C. N. dos; LIMA, R. S. N. de; RODRIGUES, M. A. Análise via PCR da presença de alelos do gene codificador da "sintase do fator de lacrimejação" dentro da população de cebola BRS Alfa São Francisco. Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 24, n. 1, jul. 2006. Suplemento 1. Resumo 397. Trabalho apresentado no 46. Congresso Brasileiro de Olericultura, Goiânia, 2006. Publicado também como resumo expandido na Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 24, n. 2, p. 1580, jul. 2006. Suplemento 2. CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Hortaliças. |
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| 9. | | BELO, G. deO.; SANTOS, C. A. F.; SANTOS, I. C. N. dos; RODRIGUES, M. A.; LIMA, R. S. N. de. Divergência genética entre populações de cebola potenciais e comerciais no Nordeste, com base em marcador RAPD. Magistra, Cruz das Almas, v. 18, p. 65, out. 2006. Número especial. Edição de Resumos do 2º Workshop de Recursos Genéticos Vegetais no Estado da Bahia, Ilheus, out. 2006.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 11. | | TEIXEIRA, I. D.; SANTOS, C. A. F.; RODRIGUES, M. A.; SILVA, E. F. dos S.; LIMA, R. S. N. de. Variabilidade genética para o período de vernalização em diferentes populações de cebola no Nordeste brasileiro. Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 25, n. 1, ago. 2007. 1 CD-ROM. Edição dos Anais do 47. Congresso Brasileiro de Olericultura; 4. Simpósio Brasileiro sobre Cucurbitáceas, Porto Seguro, ago. 2007.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 12. | | TEIXEIRA, I. D.; SANTOS, C. A. F.; RODRIGUES, M. A.; SILVA, E. F. dos S.; LIMA, R. S. N. de. Variabilidade genética para o período de vernalização em diferentes populações de cebola no Nordeste Brasileiro. Horticultura Brasileira, v. 25, n. 1, p. s93, ago. 2007. Suplemento, ref 502. Edição dos Resumos do 47. Congresso Brasileiro de Olericultura; 4. Simpósio Brasileiro sobre Cucurbitáceas, Porto Seguro, ago. 2007.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 13. | | BATISTA, P. P.; LIMA, R. S. N. de; SANTOS, C. A. F.; RODRIGUES, M. A.; ALVES, J. C. da S. F. Divergência genética entre populações de cebola potenciais e comerciais para o Nordeste, com base em marcador AFLP. Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 25, n. 1, ago. 2007. 1 CD-ROM. Edição dos Anais do 47. Congresso Brasileiro de Olericultura; 4. Simpósio Brasileiro sobre Cucurbitáceas, Porto Seguro, ago. 2007.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 14. | | TEIXEIRA, I. D.; SANTOS, C. A. F.; RODRIGUES, M. A.; SILVA, E. F. dos S.; LIMA, R. S. N. de; SANTOS, G. O. da C. Correlações e variabilidade fenotípica em gerações F7 de feijão-caupi tipo Canapu e de porte ereto e crescimento determinado. Horticultura Brasileira, Brasília, DF, v. 25, n. 1, ago. 2007. 1 CD-ROM. Edição dos Anais do 47. Congresso Brasileiro de Olericultura; 4. Simpósio Brasileiro sobre Cucurbitáceas, Porto Seguro, ago. 2007.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 17. | | LIMA, R. S. N. de; DAHER, R. F.; GONÇALVES, L. S. A.; ROSSI, D. A.; AMARAL JÚNIOR, A. T. do; PEREIRA, M. G.; LEDO, F. J. da S. RAPD and ISSR markers in the evaluation of genetic divergence among accessions of elephant grass. Genetics and Molecular Research, v. 10, n. 3, p. 1214-1223, 2011.| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| 18. | | ROSSI, D. A.; MENEZES, B. R. da S.; DAHER, R. F.; GRAVINA, G. de A.; LIMA, R. S. N. de; LEDO, F. J. da S.; GOTTARDO, R. D.; CAMPOSTRINI, E.; SOUZA, C. L. M. de. Canonical correlations in elephant grass for energy purposes. African Journal of Biotechnology, v. 13, n. 36, p. 3666-3671, 2014| Biblioteca(s): Embrapa Gado de Leite. |
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| Registros recuperados : 18 | |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Pecuária Sudeste. Para informações adicionais entre em contato com cppse.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
04/10/2010 |
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Data da última atualização: |
30/06/2023 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 1 |
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Autoria: |
LIU G. E.; HOU, Y. L.; ZHU, B.; CARDONE, M. F.; JIANG, L.; CELLAMARE, A.; MITRA, A.; ALEXANDER, L. J.; COUTINHO. L. L.; DELL'AQUILA, M. E.; GASBARRE, L. C.; LACALANDRA, G.; LI, R. W.; MATUKUMALLI, L. K.; NONNEMAN, D.; REGITANO, L. C. de A.; SMITH, T. P; SONG, J. Z.; SONSTEGARD, T. S.; Van TASSELL, C. P.; VENTURA, M.; EICHLER, E. E.; McDANELD, T. G.; KEELE, J. W. |
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Afiliação: |
GEORGE E. LIU, USDA-ARS, ANRI, Bovine Functional Genomics Laboratory, Beltsville, Maryland 20705, USA; YALI HOU, USDA-ARS, ANRI, Bovine Functional Genomics Laboratory, Beltsville, Maryland 20705, USA; BIN ZHU, University of Maryland, College Park, Maryland 20742, USA; MARIA FRANCESCA CARDONE, University of Bari, Bari 70126, Italy; LU JIANG, University of Maryland, College Park, Maryland 20742, USA; ANGELO CELLAMARE, University of Bari, Bari 70126, Italy; APRATIM MITRA, University of Maryland, College Park, Maryland 20742, USA; LEESON J. ALEXANDER, USDA-ARS, LARRL, Fort Keogh Miles City, Montana 59301, USA; LUIZ L. COUTINHO, ESALQ-USP, Piracicaba SP; MARIA ELENA DELL'AQUILA, Faculty of Biotechnological Sciences, S. Prov. Casamassima, km 3-70010 Valenzano (Bari), Italy; LOU C. GASBARRE, USDA-ARS, ANRI, Bovine Functional Genomics Laboratory, Beltsville, Maryland 20705, USA; GIANNI LACALANDRA, Faculty of Biotechnological Sciences, S. Prov. Casamassima, km 3-70010 Valenzano (Bari), Italy; ROBERT W. LI; LAKSHMI K. MATUKUMALLI; DAN NONNEMAN; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE; TIM P. L. SMITH, USDA-ARS, ANRI, Bovine Functional Genomics Laboratory, Beltsville, Maryland 20705, USA; JIUZHOU SONG, University of Maryland, College Park, Maryland 20742, USA; TAD S. SONSTEGARD, USDA-ARS, ANRI, Bovine Functional Genomics Laboratory, Beltsville, Maryland 20705, USA; CURT P. VAN TASSELL, USDA-ARS, ANRI, Bovine Functional Genomics Laboratory, Beltsville, Maryland 20705, USA; MARIO VENTURA, University of Bari, Bari 70126, Italy; EVAN E. EICHLER, University of Washington School of Medicine, Seattle, Washington 98195, USA; TARA G. MCDANELD, USDA-ARS, US Meat Animal Research Center, Clay Center, Nebraska 68933, USA; JOHN W. KEELE, USDA-ARS, US Meat Animal Research Center, Clay Center, Nebraska 68933, USA. |
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Título: |
Analysis of copy number variations among diverse cattle breeds. |
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Ano de publicação: |
2010 |
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Fonte/Imprenta: |
Genome Research, v. 20, n. 5, p. 693-703, 2010 |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Genomic structural variation is an important and abundant source of genetic and phenotypic variation. Here, we describe the first systematic and genome-wide analysis of copy number variations (CNVs) in modern domesticated cattle using array comparative genomic hybridization (array CGH), quantitative PCR (qPCR), and fluorescent in situ hybridization (FISH). The array CGH panel included 90 animals from 11 Bos taurus, three Bos indicus, and three composite breeds for beef, dairy, or dual purpose. We identified over 200 candidate CNV regions (CNVRs) in total and 177 within known chromosomes, which harbor or are adjacent to gains or losses. These 177 high-confidence CNVRs cover 28.1 megabases or similar to 1.07% of the genome. Over 50% of the CNVRs (89/177) were found in multiple animals or breeds and analysis revealed breed-specific frequency differences and reflected aspects of the known ancestry of these cattle breeds. Selected CNVs were further validated by independent methods using qPCR and FISH. Approximately 67% of the CNVRs (119/177) completely or partially span cattle genes and 61% of the CNVRs (108/177) directly overlap with segmental duplications. The CNVRs span about 400 annotated cattle genes that are significantly enriched for specific biological functions, such as immunity, lactation, reproduction, and rumination. Multiple gene families, including ULBP, have gone through ruminant lineage-specific gene amplification. We detected and confirmed marked differences in their CNV frequencies across diverse breeds, indicating that some cattle CNVs are likely to arise independently in breeds and contribute to breed differences. Our results provide a valuable resource beyond microsatellites and single nucleotide polymorphisms to explore the full dimension of genetic variability for future cattle genomic research. MenosGenomic structural variation is an important and abundant source of genetic and phenotypic variation. Here, we describe the first systematic and genome-wide analysis of copy number variations (CNVs) in modern domesticated cattle using array comparative genomic hybridization (array CGH), quantitative PCR (qPCR), and fluorescent in situ hybridization (FISH). The array CGH panel included 90 animals from 11 Bos taurus, three Bos indicus, and three composite breeds for beef, dairy, or dual purpose. We identified over 200 candidate CNV regions (CNVRs) in total and 177 within known chromosomes, which harbor or are adjacent to gains or losses. These 177 high-confidence CNVRs cover 28.1 megabases or similar to 1.07% of the genome. Over 50% of the CNVRs (89/177) were found in multiple animals or breeds and analysis revealed breed-specific frequency differences and reflected aspects of the known ancestry of these cattle breeds. Selected CNVs were further validated by independent methods using qPCR and FISH. Approximately 67% of the CNVRs (119/177) completely or partially span cattle genes and 61% of the CNVRs (108/177) directly overlap with segmental duplications. The CNVRs span about 400 annotated cattle genes that are significantly enriched for specific biological functions, such as immunity, lactation, reproduction, and rumination. Multiple gene families, including ULBP, have gone through ruminant lineage-specific gene amplification. We detected and confirmed marked differences in t... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Gene-expression; Genome-wide association; Inbred mouse strains; Segmental duplications; Structural variation. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
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520 $aGenomic structural variation is an important and abundant source of genetic and phenotypic variation. Here, we describe the first systematic and genome-wide analysis of copy number variations (CNVs) in modern domesticated cattle using array comparative genomic hybridization (array CGH), quantitative PCR (qPCR), and fluorescent in situ hybridization (FISH). The array CGH panel included 90 animals from 11 Bos taurus, three Bos indicus, and three composite breeds for beef, dairy, or dual purpose. We identified over 200 candidate CNV regions (CNVRs) in total and 177 within known chromosomes, which harbor or are adjacent to gains or losses. These 177 high-confidence CNVRs cover 28.1 megabases or similar to 1.07% of the genome. Over 50% of the CNVRs (89/177) were found in multiple animals or breeds and analysis revealed breed-specific frequency differences and reflected aspects of the known ancestry of these cattle breeds. Selected CNVs were further validated by independent methods using qPCR and FISH. Approximately 67% of the CNVRs (119/177) completely or partially span cattle genes and 61% of the CNVRs (108/177) directly overlap with segmental duplications. The CNVRs span about 400 annotated cattle genes that are significantly enriched for specific biological functions, such as immunity, lactation, reproduction, and rumination. Multiple gene families, including ULBP, have gone through ruminant lineage-specific gene amplification. We detected and confirmed marked differences in their CNV frequencies across diverse breeds, indicating that some cattle CNVs are likely to arise independently in breeds and contribute to breed differences. Our results provide a valuable resource beyond microsatellites and single nucleotide polymorphisms to explore the full dimension of genetic variability for future cattle genomic research.
653 $aGene-expression
653 $aGenome-wide association
653 $aInbred mouse strains
653 $aSegmental duplications
653 $aStructural variation
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700 1 $aKEELE, J. W.
773 $tGenome Research$gv. 20, n. 5, p. 693-703, 2010
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Registro original: |
Embrapa Pecuária Sudeste (CPPSE) |
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